当企业在申报增值税时，如果存在留底的进项税额，可以按照以下步骤进行申报：

1. 打开增值税申报表。

2. 寻找“第三节本期进项税额”部分。

3. 在该部分中，将应纳税额中的留抵税额填写完整。

如果有留底的进项税额，通常不需要计提附加税费，因为附加税费的计算是基于应纳增值税额，如果应纳增值税额为0，则附加税费也为0。

请注意，以上步骤可能会根据具体的税务规定和申报系统的更新有所变化。建议在进行申报前，咨询当地税务机关或通过官方渠道获取最新的申报指南和说明。