工程质量扣款的账务处理应遵循以下原则：

收支两条线原则

当总包工程支付工程款项时，借记“工程施工”，贷记“银行存款”等账户。

对于因工程质量问题的罚款，应借记“银行存款”，贷记“工程施工”作为成本的减项。

销售折让处理

如果销售折让发生在确认销售收入前，应在确认销售收入时直接按扣除折让后的金额确认。

对于已确认销售收入的商品发生销售折让，且不属于资产负债表日后事项，应在发生时冲减当期销售商品收入，如允许扣减增值税额，还应冲减已确认的应交增值税销项税额。

合同收入减项

根据《企业会计准则第15号——建造合同（2006）》，因工程质量发生的质保金扣除应作为合同收入的减项处理。

账务处理示例

销售实现时：

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发生质量扣款时（假设开具红字发票）：

```

发生质量扣款时（假设开具红字发票）：

借：主营业务收入（折让金额）

应交税费——应交增值税（销项税额）（折让金额*13%）

贷：应收账款