当发票已认证后发生退货，您可以按照以下步骤处理：

开具红字发票信息表

由购货方在税控发票开票软件中开具增值税红字发票信息表。

上传信息表至国税服务器，并保存提交审核。

审核与获取信息表编码

审核通过后，购货方获取红字发票信息表编码。

销售方开具红字发票

将获取的红字发票信息表编码提供给销售方。

销售方根据编码在开票系统中开具红字增值税专用发票。

账务处理

销售方：

借：主营业务收入 应交税费——应交增值税（销项税额）

贷：银行存款/应收账款等

借：库存商品

贷：主营业务成本

购货方：

借：银行存款/应付账款等

贷：库存商品 应交税费——应交增值税（进项税额转出）