当企业因商品质量问题被客户直接扣除货款时，会计入账的处理方法如下：

确认销售收入前的处理

如果在确认销售收入前发生质量问题，应在确认销售收入时直接按扣除销售折让后的金额确认。

已确认销售收入后的处理

若已确认销售收入的商品发生质量问题，且不属于资产负债表日后的事项，应在发生时冲减当期销售商品收入。

如果按规定允许扣减增值税额，还应冲减已确认的应交增值税销项税额。

账务处理

可以直接冲减购进产品成本或者做营业外收入处理。

如果购入中含有增值税，应当同时作转出增值税（进项额）的分录。

计入营业外收入时，应作分录：借：应付账款 贷：营业外收入。

增值税销项金额用红字表示，负数，并在摘要中注明是销售折让。

退货与销售折让

如果存在退货情况，也应按照上述原则处理。

销售方在会计上未入账时，应将所有专用发票联次注明作废，并将发票联和抵扣联粘贴于存根联后面。

销售方已入账时，开具一张相同金额的红字（负数）发票，作为冲减当期销售收入和销项税额的依据。

综合账务分析

完成记账后，应对账务进行综合性分析并核对账目，确保账目准确无误。

税前扣除凭证

对方为个人的情况下，以内部凭证作为税前扣除凭证。

请根据具体情况选择合适的会计处理方法，并确保所有会计分录均符合相关会计准则和税法规定