在建工程发生损毁的入账处理取决于损毁的原因。以下是不同原因下的会计处理方式：

正常原因造成的损毁

建设期间

减去残料价值和过失人或保险公司等赔款后的净损失，记入继续施工的工程成本。

会计分录示例：

借：在建工程——B项目

贷：在建工程——A项目

非建设期间

筹建期间：净损失计入管理费用。

非筹建期间：净损失计入营业外支出。

会计分录示例（筹建期间）：

借：管理费用

贷：在建工程

非正常原因造成的损毁

净损失直接计入营业外支出。

会计分录示例：

借：营业外支出

贷：在建工程

特殊情况

如果在建工程全部报废或毁损，不论原因，应按其净损失，借记“营业外支出——非常损失”科目，贷记“在建工程”科目。

税务处理

在建工程停建、报废损失，在工程项目投资账面价值扣除残值后的余额，可以在计算应纳税所得额时扣除。

企业需要提供专业技术部门的鉴定意见和相关赔偿情况的说明。

注意事项

账务处理应遵循企业会计准则和相关税务规定。

税务方面，企业应按规定提供能证明资产损失确属已实际发生的合法证据。

以上信息基于提供的参考信息，具体会计处理可能因企业实际情况和当地税务规定有所不同。在实际操作中，建议咨询专业会计师或税务顾问以获得最准确的指导