预缴增值税的扣款步骤通常包括以下几个环节：

申报预缴

在电子税务系统中，进入【我要办税】—【税费申报及缴纳】—【申报清册】—【其他申报】—【增值税预缴申报表】进行申报。

缴纳税款

根据是否有签订三方协议，选择不同的扣款方式：

若签订了三方协议，直接在【税费缴纳】界面选择三方协议扣款。

若没有签订三方协议，需要打印缴款凭证，前往银行进行缴款。

查看状态

缴款完成后，返回【简易处罚】界面查看缴款状态。

抵扣预缴税款

在申报纳税时，将已预缴的税款填写在增值税纳税申报表中。

在计算应纳增值税时，将预缴的税款从应纳税额中扣除。

如果预缴的税款超过应纳税额，差额部分可以作为留抵税额，在下期申报纳税时继续抵扣。

账务处理

预缴增值税时，会计分录为：