资本公积在合并报表中的抵消方法遵循以下步骤：

抵消母公司对子公司权益性投资与子公司所有者权益中母公司所持有份额

母公司对子公司的权益性投资项目数额与子公司所有者权益中母公司所持有的份额相抵消。

抵消子公司间相互投资

对于子公司之间的相互投资，母公司应比照上述方法，将权益性资本投资项目的数额与相对应的另一子公司所有者权益中相应的数额相互抵消。

处理不属于母公司的所有者权益

子公司所有者权益中不属于母公司拥有的数额，应作为少数股东权益，单列一类，以总额反映。

未分配利润的处理

所有者权益中未分配利润的数额根据合并利润分配表中期末未分配利润的数额列示。

等待期内资本公积的处理

在合并报表中，等待期内的资本公积属于“其他资本公积”，等待期满后转入“股本溢价”。

归属于少数股东的部分，根据资产负债表日是否尚在等待期内，分别冲减其他资本公积或者股本溢价。

保留其他资本公积

“资本公积——其他资本公积”在合并报表中保留，其中归属于少数股东的部分也是冲减其他资本公积。

以上步骤确保了合并报表中资本公积的正确抵消和反映。需要注意的是，这些步骤可能因具体的会计准则和法规而有所变化，因此在实际操作中应遵循最新的会计准则和相关法规