专利保护费的记账方法如下：

确认账户

如果已有专利费账户，则在该账户下记录费用。

若没有，需建立专利费专用账户。

准备账务凭证

记录发生日期、摘要、专利种类、费用项目、发生金额等信息。

对外支付时，需记录受款单位名称。

记账处理

专利费用发生时，一般会计入“无形资产——专利费”账户，并贷记“银行存款”。

如果专利需要摊销，则按月摊销，会计分录为：

借：管理费用——无形资产摊销

贷：累计摊销