建筑施工企业在收到预付款时，开票方式通常有以下几种：

不征税预收款发票

根据财税2017年58号文的有关规定，建筑施工企业收到预收工程款时，可以开具“612建筑企业预收款”的不征税普通发票。

这种发票在增值税纳税义务产生之前，仅具有收据的功能。

待纳税义务产生时开具带税率发票

建筑企业也可以选择先开具普通收据，待增值税纳税义务产生时，再根据实际完成的工程进度开具相应进度款的带税率发票。

直接开具带税率发票

另外一种方式是，在收到预付款时直接开具相应带税率的发票，但这意味着增值税纳税义务随即产生。

发票开具注意事项

无论何种方式开票，都需要准确填写货物或劳务名称、数量、单价、税率等信息。

如果是纸质发票，需要核对信息无误后交付给付款方。

如果是电子发票，可以通过电子发票服务平台或软件开具，并确保信息准确无误。

请根据具体情况以及合同条款选择合适的开票方式，并遵守当地税务部门的规定。需要注意的是，税法和相关政策可能会有更新，因此在实际操作时应以最新的法规为准。