住房专项附加扣除的计算方法如下：

扣除标准

首套住房贷款利息支出，可以按照每月1000元的标准定额扣除。

扣除期限最长不超过240个月。

适用情况

适用于纳税人本人或配偶使用商业银行或住房公积金个人住房贷款购买中国境内首套住房所发生的贷款利息支出。

纳税人只能享受一次首套住房贷款的利息扣除。

夫妻双方的扣除方式

夫妻双方可以协商选择由一方全额扣除，或者双方各自按照50%的比例扣除。

具体扣除方式在一个纳税年度内不得变更。

其他注意事项

纳税人应留存住房贷款合同和贷款还款支出凭证以备查验。

扣除的具体标准和条件可能会根据国务院的规定和城市的不同而有所变化。