补发工资的计税方式如下：

合并计算

补发的工资应与原来的月工资合并计算应缴个人所得税。

补发工资应按照工资、薪金所得项目计征个人所得税。

费用扣除

纳税人每月工资收入在减除基本养老保险金、医疗保险金、失业保险金、住房公积金以及费用扣除额（目前为5000元/月）后，计算应纳税所得额。

税率和速算扣除数

应纳税所得额乘以适用税率后，再减去速算扣除数得出应纳税额。

申报缴纳

工资薪金所得应纳的税款，由扣缴义务人或纳税义务人在次月十五日之前缴入国库，并向税务机关报送纳税申报表。

特定情况下的处理

如果补发工资属于补发以前月份的工资，可以分推到所属月份，与原来的月工资合并计算应缴个人所得税，扣除已缴纳的个人所得税，即为应该补缴的税款。