水利工程发票用于抵税的步骤如下：

确认发票真实性、合法性、有效性

确保发票是由合法有效的增值税专用发票或海关进口增值税专用缴款书组成。

准备进项发票

准备好当期有效的进项发票，这些发票体现了税收减免前的纳税费用。

在税收系统上进行申报抵税

将票据上的增值税、消费税等相关税收明细信息录入税收系统，并向税务机关申报抵税。

审核与抵扣

税务机关会对发票进行审核，审核通过后，企业可以在当期增值税应纳税额中扣除相应的进项税额。

注意事项

抵扣的进项税额必须用于生产经营活动，并且与主营业务收入相对应。

工程款发票是承建公司向发包单位开具的，内容包括人工费、临水临电费用、主材材料费、器材租赁费等。