安保公司在缴纳增值税时，应遵循以下步骤：

确定纳税人身份

一般纳税人：按照一般计税方法计算缴纳增值税，适用6%的税率。

小规模纳税人：按照简易计税方法计算缴纳增值税，适用3%的征收率。

计算销项税额

以提供安保服务的收入金额乘以适用的税率（一般纳税人6%，小规模纳税人3%）计算销项税额。

计算进项税额

抵扣当期购入材料、设备等可以抵扣的项目。

计算应纳税额

一般纳税人：销项税额减去进项税额。

小规模纳税人：直接以销售额乘以征收率计算。

申报缴纳增值税

向税务机关申请开具增值税专用发票，并在规定的时间内申报缴纳增值税。

差额纳税的选择

一般纳税人和小规模纳税人都可以选择差额纳税，即扣除一定费用后的余额为销售额。

请根据您的具体情况选择合适的纳税方式，并遵循最新的税法规定。