公司使用员工的私家车，通常有以下几种付费方式：

按天收费

按照市场租车价，按天支付费用。

报销油费、过路费。

长期租赁

报销油费、过路费，并可能提供汽车养护补助。

租赁费用

计入管理费用——租赁费，签订租车协议。

油费、过路费、停车费等开销可以正常入账。

费用报销

实际油耗及里程数核算油费，过路费等费用。

报销的费用要严格按照企业制定的用车制度进行计算。

租车协议

与公司签订租车协议，取得的油费、过路费等可以税前扣除。

注意：保险费、年检费、车船税等由车主个人承担。

税务处理

增值税及附加税、个人所得税、印花税等由个人缴纳。

租金不超过一定金额时，可能不需要缴纳个人所得税。

其他补贴

给员工发放定额交通补贴，并入工资申报缴纳个税。

车辆过户

如果车辆是老板的个人车辆，可以考虑过户给公司，这样可能享受税收优惠。

请注意，不同的公司可能有不同的政策和规定，上述信息仅供参考。在实际操作中，应遵守当地税法规定，并与公司财务部门或税务顾问协商确定最合适的付费方式。