当企业遇到存货丢失的情况时，会计处理通常包括以下几个步骤：

确认损失

如果存货丢失是由于管理不善造成的，如盗窃或保管不当，则应计入待处理财产损溢，并确认相应的进项税额转出。

如果是自然灾害等不可抗力因素导致存货损失，则可能会计入营业外支出。

会计分录

对于管理不善导致的存货丢失，会计分录可能如下：

贷：库存商品

借：管理费用（或营业外支出）

贷：待处理财产损溢

借：应交税费——应交增值税（进项税额转出）

如果存货丢失是由于自然灾害等原因，会计分录可能如下：

借：待处理财产损溢

贷：库存商品

借：营业外支出

贷：待处理财产损溢