当公司有两个银行账户时，做账的方法如下：

开设账户

在银行开设两个账户，通常一个作为基本户，用于主要业务收支；另一个作为一般户，用于其他业务或资金管理。

分录记账

记录每笔收入和支出在相应的账户中，收入记贷方，支出记借方。

例如，收到客户销售款时，记入基本户：

借：银行存款-基本户

贷：主营业务收入

应交税金-应交增值税-销项税

支付供应商材料款时，记入基本户：

借：应付账款-某供应商

贷：银行存款-基本户

缴纳社保费时，记入一般户：

借：管理费用-社会保险费（企业承担部分）

其他应收款-社会保险费（个人承担部分）

贷：银行存款-一般户

期末结账

计算每个账户的期末余额，编制资产负债表和利润表。

对账核实

定期与银行对账，确保账户余额准确无误。

账户管理

妥善保管好财务凭证、账簿等资料，确保财务信息的真实、完整。

报表编制

根据账户的借贷方余额，编制财务报表，反映公司的财务状况和经营成果。

注意事项

两个账户之间的资金互转需要严格遵循核对凭证、制定凭证、转账记账以及账务处理等步骤，确保账目清晰明确。

可以设置二级明细，如“银行存款-A 银行存款-B”，以便于管理和核对。

如果两个账户互相转账，可以根据资金性质做相应的会计分录，如资金调拨或借款性质。

请根据公司的具体业务情况和会计政策，遵循上述步骤进行记账。