当公司代发工资时，开票应遵循以下步骤和规则：

确定服务费金额

根据提供的服务内容，确定公司应收取的服务费金额。

开具发票

人力资源公司应按照实际收到的服务费金额开具发票。

如果是全额服务，则开具全额的普通发票。

如果服务内容可以分割，也可以分别开具增值税专用发票和普通发票。

通过差额征税模块，可以开具增值税专用发票，这通常适用于选择差额计税的情况。

记账处理

收到劳务费时，应记入“主营业务收入”。

计提劳务派遣人员的工资及相关社保、住房公积金时，记入“主营业务成本”。

实际支付工资时，应根据规定进行账务处理。

税务处理

根据税法规定，公司在提供人力资源外包服务时，应按“经纪代理服务-人力资源外包服务”科目开具发票。