当单位多扣了员工的社保费用时，需要按照以下步骤进行会计处理：

确认多扣金额及原因

核实多扣的具体金额以及原因。

冲销多扣的个人部分

调整“应付职工薪酬-社保”科目的贷方余额，增加“应付职工薪酬-工资”科目的借方余额，以反映应退还给员工的款项。

调整单位负担部分

如果单位部分也有误扣，则需减少已计提的单位社保费用，确保成本费用与实际情况相符。

记录退款或调整

实际退款给员工时，通过“银行存款”科目反映资金流出；

若选择在下月工资中调整，则在工资发放时进行相应调整。

确保账目清晰

在会计账簿中详细记录，确保账目清晰可查，避免后续审计或检查时出现问题。

具体的会计分录示例如下：

多扣社保个人部分：

多扣社保单位部分：

多扣社保单位部分：