运输公司的进项主要包括以下几类：

购进的运输工具：

包括货车、船舶、飞机等，相关的购车发票、维修发票等是企业进项的主要凭证。

燃油费用：

运输工具在运行过程中消耗的燃油费用，燃油的采购发票、加油发票等也是企业的重要进项来源。

维修费用：

包括零件更换、设备检修等，相关的维修发票也是企业申报进项的重要凭证。

人员工资及相关费用：

包括司机、维修人员等的工资以及相关培训费用，企业可能还需支付保险费用。

通行费：

某些地区或路段对运输车辆收取的通行费，通常以发票形式开具。

车辆购置税：

购买新车时需缴纳的税费，相应的发票也是重要的进项发票之一。

其他相关支出：

如通讯费用、信息技术支出等，这些费用产生的发票也是企业进项的一部分。

增值税进项发票需要在税务机关进行认证，认证通过的发票才能用于抵扣销项税。