当企业发生已开票的退款时，会计分录应该如下：

1. 如果退款金额小于或等于已开具发票的金额，可以开具红字发票来冲减原收入：

借：主营业务收入

贷：银行存款

借：主营业务收入

贷：银行存款

3. 如果退款涉及增值税，也需要做相应的红字分录：

借：应交税费-应交增值税（销项税额）

贷：银行存款

4. 如果货物退回，还需要做以下分录：

借：库存商品

贷：主营业务成本