水利建设零申报的填写步骤如下：

准备申报材料

根据当地税务机关的要求，准备财务报表、申报表等相关材料。

登录税务系统

登录当地电子税务局网站或者前往办税服务厅，进入申报系统。

填写申报表

在系统中选择相应的申报表，按照提示填写相关信息，包括收入、支出、税款等。如果水利建设专项基金有收入，则按收入金额计提缴纳；如果没有收入，则收入申报表直接填写0元。

填写税种时，所得税税种为“个体工商户适用的征收办法”。

填写企业或个人信息，包括名称、纳税人识别号等。

填写所得收入，包括国家、地方和社会团体提供的资金等。

填写减除费用，如水利建设专项收入的直接成本等。

根据所得收入和减除费用计算出应纳税所得额。

根据应纳税所得额和税率计算出应纳税额。