运输合同印花税的缴纳方式如下：

缴纳比例

货物运输合同应按照合同中的运输费用万分之五缴纳印花税。

如果合同没有签订，但有运费发票，也需要按照运费发票的全额计算印花税，不扣除进项税部分。

申报方式

纳税人可以在税务或印花税代购点购买印花税票，然后直接贴在货物运输合同上。

如果运费发票中记载的装卸费、保险费等可以在计算印花税时扣除，则按扣除后的金额计算印花税。

涵盖范围

货物运输合同包括民用航空运输、铁路运输、海上运输、内河运输、公路运输和联运合同。

注意事项

印花税是对经济活动和经济交往中书立、领受具有法律效力的凭证的行为所征收的一种税。

纳税人应根据规定自行计算应纳税额，并购买并一次贴足印花税票。

同一种类应纳税凭证，需频繁贴花的，纳税人可以自行决定是否采用按期汇总申报缴纳印花税的方式，但汇总申报缴纳的期限不得超过一个月。