费用抵扣增值税的做账方法如下：

未认证抵扣进项税额时的会计分录

借：管理费用等（根据费用性质计入对应科目）

应交税费——应交增值税（待认证进项税额）

贷：银行存款（或应付账款等科目）

认证抵扣进项税额时的会计分录

借：应交税费——应交增值税（进项税额）

贷：应交税费——应交增值税（待认证进项税额）

具体费用抵扣的会计分录示例：

差旅费用

借：管理费用/销售费用—差旅费

应交税费-应交增值税—进项税额

贷：应付账款/银行存款

市内交通费用

借：管理费用/销售费用-交通费