中科招商投资管理集团股份有限公司（简称：中科招商）是一家主要从事私募股权投资的公司。根据提供的信息，中科招商在私募股权领域面临一些挑战，以下是几个关键点：

公司制基金与基金管理公司的区别

中科招商的主要收入来源于自有资金的投资收益，这被视作公司制的基金，而非传统意义上的基金管理公司。

基金管理公司通常管理外部投资者的资金，而中科招商则更多依赖自有资金进行投资。

政策影响

在新三板初期，一些投资公司大佬推动新三板接纳中科招商等创新创投公司挂牌，认为这能体现新三板的包容性与发展。

然而，中科招商的大规模融资和投资行为使其更类似于公司制基金，而非基金管理公司。

管理问题

中科招商在管理上存在一些问题，如对LP（有限合伙人）管理费的放松，以及使用基层员工进行PE（私募股权）投资的流水线作业。

这些做法可能影响了其作为基金管理公司的专业性和效率。

法律纠纷

中科招商因合同纠纷被法院判决支付巨额赔偿，并因此被列入失信被执行人名单。

法律问题可能对其声誉和业务运营产生负面影响。

业绩波动

中科招商在2016年经历了业绩下滑，原因包括成本费用增加、持有的股票资产公允价值下降以及会计政策选择等。

尽管如此，中科招商强调其账面经营业绩的下滑并不影响所持有资产的真实盈利能力和经济价值。

市场环境

中国投资环境中存在大量散户和不符合LP资格的投资者希望进入股权投资市场，这可能导致了中科招商在新三板上市初期面临的一些困难。

综上所述，中科招商在私募股权领域面临的主要问题包括其业务模式与市场定位的模糊、管理上的挑战、法律纠纷以及市场环境的影响。这些问题可能对其业务运营和声誉造成了一定的负面影响