协议费应该计入哪个会计科目，这主要取决于协议的具体内容和相关业务。以下是几种可能的情况：

生产费用-其他费用：

如果单位与生产企业签订某种产品代加工协议，协议费应该记入“生产费用-其他费用”科目。

营销费用：

如果是单位与第三方公司签订的关于开展营销活动而发生的协议费，应计入“营销费用”科目。

管理费用：

有些情况下，协议费可能被视为管理费用的一部分。例如，一些管理性质的协议，如咨询服务协议等，可能会被计入“管理费用”科目。

综上所述，协议费的会计科目应根据协议的具体内容和业务性质来确定。建议在实际处理时，咨询专业的会计师或税务顾问，以确保准确无误地计入相关科目。