函证费用通常应计入管理费用科目。具体来说，审计询证函费用可以记入“管理费用—服务费”或“管理费用—咨询费”等子科目。银行询证函费用也属于管理费用的一部分，可以进一步细化到“审计费用”或“财务咨询费用”等子科目。

会计分录示例如下：

借：管理费用—服务费/咨询费

贷：银行存款

如果是一般纳税人，并且取得了专用发票，那么支付的服务费对应的进项税额可以进行抵扣。

需要注意的是，不同企业的具体情况和会计准则可能会有所不同，因此在实际操作中，应根据企业的实际情况和当地会计准则进行会计处理