清淤费用通常应计入“管理费用”科目。具体会计分录如下：

1. 当企业发生清淤费用并取得对应发票时：

借：管理费用—清淤费

应交税费—应交增值税（进项税额）

贷：应付账款

2. 当企业支付清淤费款项时：

借：应付账款

贷：银行存款

3. 期末结转利润时：

借：本年利润

贷：管理费用

需要注意的是，如果清淤工程关系到企业自用资产，费用可能记入“翻修、装修、改造”类会计科目；如果清淤工程是提供给客户的或关系到外部机构，可能记入“服务业”类会计科目；此外，如果清淤费用与固定资产相关，即使完成后不能产生固定资产，费用也可以记入“固定资产汇总总账”中。

请根据具体情况选择合适的会计科目进行核算