当企业升级税控系统时，相关的费用通常会计入管理费用科目。以下是具体的会计处理方式：

1. 如果购买的税控盘和发票是专用发票，需要先进行认证。

2. 对于小规模纳税人，购买税控盘和发票的费用可以按照税务局的通知规定办理。

3. 会计分录示例：

借：应交税费_抵减增值税

贷：银行存款或现金

4. 这笔费用可以进一步细分为管理费用的二级科目，如办公费或其他费用。

5. 如果是一般纳税人，可以将该票的增值税部分作为进项税进行抵扣。

请根据您企业的实际情况和当地税务部门的规定进行会计处理。