增值税差额征税的原因主要有以下几点：

避免重复征税：

差额征税的核心目的是避免在增值税链条中，由于进项税额和销项税额的抵扣机制而产生的重复征税问题。通过允许企业扣除已支付给其他纳税人的规定项目金额，可以确保税收负担在各个环节得到合理分配，避免同一笔收入或成本被多次征税。

减轻企业税负：

差额征税使得企业只需缴纳增值部分的税款，而非商品的全额增值税。这有助于降低企业的整体税负，提高企业的盈利能力和市场竞争力。

促进企业发展：

通过降低税负，差额征税鼓励企业提高生产效率和技术水平，增加增值额，从而促进企业的持续发展。

税负公平：

差额征税可以确保在营改增后，不同业务模式和服务提供者的税负更加公平。例如，在总包和分包业务中，总包只需对其提供的服务部分缴税，而不是整个工程的全额，这符合税负公平的原则。

历史遗留问题：

差额征税是营业税改增值税过程中的历史遗留问题。为了确保增值税的平稳过渡，对原营业税下的企业保持基本税负不变，采用了差额征税的方式。

解决进项税额抵扣问题：

在全面“营改增”后，部分企业由于时间性、政策性等原因，仍存在无法取得进项专票的情形，导致进项税额无法抵扣。差额征税通过从销售额中扣除允许扣除的金额，解决了这一问题，避免了重复征税。

综上所述，增值税差额征税是一种有效的税收征收方式，旨在通过减轻税负、避免重复征税、促进企业发展以及实现税负公平，来适应特定的业务需求和税务管理要求。