证书年检费用通常应记入 管理费用科目。管理费用是指企业行政管理部门为组织和管理生产经营活动而发生的各种费用，其中包括证书年检费。具体会计分录如下：

1. 发生证书年检费用时：

借：管理费用——证书年检费

贷：应付账款——机构名称

2. 支付证书年检费用时：

借：应付账款——机构名称

贷：银行存款

3. 期末结转本年利润时：

借：本年利润

贷：管理费用

因此，证书年检费用作为管理费用的一部分，可以直接报销并计入管理费用科目中。如果企业有设置二级科目，如“证书年检费”，则可以直接使用该二级科目进行核算。