总公司签订合同后，分公司进行开票收款存在风险，因为发票的构成要件包括交易主体和结算主体，应当保持一致。如果分公司参与合同履行的具体环节，在不违背法律、法规和合同约定的情况下，可以按总公司将业务转包给分公司处理。分公司不具有法人资格，其民事责任由公司承担。因此，在操作时需谨慎，避免风险。

总公司签订合同，分公司开票收款的风险分析

总公司签订合同后，由分公司进行开票收款，这种情况存在一定的风险。因为发票的构成要件包括交易主体和结算主体，而总公司与分公司之间的操作可能导致三流（即资金流、发票流、物流）不一致。

关于交易主体与结算主体的一致性

合同是总公司与外部实体签订的，代表交易主体。而发票的开具和收款则由分公司完成，涉及结算主体。在合法合规的前提下，若分公司具体履行与总公司的合同内容，应确保交易主体和结算主体在实质上保持一致。

法律与合同约定

只要操作不违反相关法律、法规和合同约定，总公司可以将业务转交给分公司处理。对于总公司与分公司之间的商品销售、服务行为，应遵循独立交易原则进行签约、结算和开票。

分公司的法律地位

根据《中华人民共和国公司法》规定，公司可以设立分公司。分公司虽需向公司登记机关申请登记并领取营业执照，但不具备法人资格，其民事责任由总公司承担。

在具体操作中，如果分公司负责采购、签约并获取发票，而总公司负责付款，那么建议总公司、分公司以及供应商签订三方委托付款协议，明确总公司的付款行为是代分公司付款。

面对总公司签订合同、分公司开票收款的情况，必须确保所有操作都在法律框架和合同约定内进行，以规避潜在风险。