预付款的抵扣通常遵循以下规则：

起扣点：

预付款的起扣点通常是指工程进度款支付累计达到一定比例后开始抵扣预付款的金额。这个比例可以是合同总价的一定百分比，例如40%。

抵扣比例：

预付款的抵扣比例可以根据工程的实际情况和合同约定来确定。在某些情况下，预付款可以从每次结算工程价款中按材料比重扣抵。

扣回方式：

预付款的扣回方式可以是等比率或等额扣款的方式分期抵扣，也可以从未施工工程尚需的主要材料及构件的价值相当于预付款数额时起扣。

法律依据：

预付款的抵扣应遵循《建设工程价款结算暂行办法》等相关法律法规的规定。

举例来说，如果合同中规定预付款起扣点是合同总价的40%，那么当承包人完成的工程进度款累计达到合同总价的40%时，开始使用这部分款项来抵扣之前支付的预付款。

请注意，具体的抵扣规则应以合同中的约定为准，因为不同的工程可能有不同的要求和条件。