通行费的税率可能因具体情况而异，但根据最新的信息，通行费通常适用的税率有3%和9%两种情况。具体来说：

对于公路通行费，可以选择简易征收方法，按照3%的税率计算应纳税额。

对于高速公路通行费，如果不选择简易征收方法，则适用的税率为9%。

请注意，这些税率可能会随着政策调整而变化，因此建议在进行通行费缴纳或税务处理时，咨询当地税务部门或专业税务顾问以获取最准确的信息