按照专用发票上的金额入账。

1. 如果是商业折扣（税法上说的折扣销售，比如按照原价打九五折等）的话，发票上写的金额就是折扣之后的金额。因为税法的实质课税原则下，按照实际成交金额计税的，所以没有影响；

2. 如果是销售折扣的话，发票上面写的是未计算折扣的总金额。因为会计准则要求以总价法入账（折扣部分作为财务费用，同时冲销营业收入），而税法在这部分的收入确认原则和会计准则一致，即按照总价确认成交金额，销售方不得以折扣部分来计减增值税；

综上所述，只需要按照发票金额计算进项税就好了。

附：如果拿到的都不是增值税专用发票的话，就没什么好说的了