科技专项资金的会计分录可以根据会计准则以及公司会计政策进行划分。假设资金来源为政府财政拨款，则可以分为收入类和费用类分录，具体如下：

收入类

1、划入收入类账户——政府财政资金拨款收入：

当企业取得财政拨款收入时，应当划入“政府财政资金拨款收入”账户，用来分账户及管理财政拨款。

2、划入资产类账户——科技专项资金：

除上述收入类账户外，还应当划入“科技专项资金”账户，用来记录科技专项资金及管理资金差异。

费用类

1、科技专项资金支出：

当企业为实现专项营利目的，需要把部分资金用于相关项目的研发、购买技术和设备、开立广告支出等时，应当向“科技专项资金支出”账户支付。

2、管理费用：

为防止财政拨款收入及科技专项资金过度被消耗，企业应当专门划入账户来分别记录收入及支出，建立专门管理、审计机制，为此还应当向“管理费用”账户支付一定的费用。

企业运用科技专项资金必须遵守《企业国家科技专项资金管理办法》以及有关文件规定，严格落实各项管理要求，并定期进行评估。同时，企业不得将科技专项资金用于无关费用支出，一旦发现应立即纠正，并向有关部门报告。