1、适用对像不同：政府投资资金投资的非经营性固定资产，以直接投资方式为主。对确需支持的经营性项目，主要采取资本金注入方式投入。

2、包含范围不同：资本金注入是直接投资的一种，直接投资方式还有投资拨款和投资补助另外两种方式。

3、实现功能不同：资本金注入方式改善财务结构，保持必要控制力，放大社会投资三大功能；直接投资实现社会效益最大化为目标与宗旨弥补市场失灵的缺陷，实现公平的资源配置。

参考资料来源：百度百科-政府投资方式