当企业遇到尚未收到商品但已支付货款的情况，会计处理涉及到相应的科目调整。以下是具体的情况和会计分录：

1. 如果货物尚未发货，预付的款项应做如下记录：

会计分录：借记预付账款（或应付账款），贷记银行存款（或库存现金/应付票据等）。

2. 如果付款后，虽然发票已提供，但货物未到，这时的会计分录为：

借记在途物资，以及相关的应交税费（如应交增值税-进项税额），贷记银行存款等。

3. 当货物最终收货并验收入库时，会计处理如下：

借记库存商品（或原材料），贷记在途物资。

在会计实践中，企业通常会设置“预付账款”科目来管理这类预付款项。如果预付款项不多，也可以直接记入“应付账款”科目的借方，无须单独设立“预付账款”科目。以上操作旨在确保企业的财务记录准确反映实际交易，并符合相关税法规定。