1. 当自产货物用于本单位在建工程时，此行为视同销售，因此需要按照销售价格计征增值税。在这种情况下，通常不允许抵扣进项税额。

2. 如果生产用的材料被用于在建工程，根据具体情况的不同，进项税的抵扣情况也不同。对于房屋或建筑物的在建工程，进项税不得抵扣；而对于设备类在建工程，进项税则可以抵扣。

3. 相应的账务处理方法如下：

- 自产货物用于在建工程时：

借记“在建工程”账户，贷记“库存商品”账户，以及贷记“应交税费－应交增值税（销项税额）”账户。

- 生产用材料用于在建工程时：

a. 如果用于房屋或建筑物在建工程：

借记“在建工程”账户，贷记“原材料”账户，以及贷记“应交税费－应交增值税（进项税额转出）”账户。

b. 如果用于设备类在建工程：

借记“在建工程”账户，贷记“原材料”账户。