水果损坏计入存货损耗科目。

详细解释如下：

1. 存货损耗的定义：存货损耗是指企业在存货采购、存储、销售等过程中所产生的损失。这些损失可能是由于各种原因造成的，如存货过期、损坏、失窃等。水果损坏就属于存货在存储过程中的损失。

2. 会计处理：当水果发生损坏时，企业需要根据实际情况进行会计处理。一般来说，损坏的存货价值会被计入存货损耗科目，同时，为了准确反映企业的财务状况，还需要对损坏的原因进行分析，并采取相应的措施。

3. 成本控制：对于水果这类易损坏的商品，企业应当加强存储管理，降低损坏率。同时，合理的会计处理和成本控制也是非常重要的。通过将水果损坏计入存货损耗科目，企业可以更好地了解其在存储和销售过程中的损失情况，从而采取相应的措施来降低成本，提高经营效益。

总之，水果损坏是企业在存货管理过程中常见的现象，应当将其计入存货损耗科目，以便更好地了解企业的财务状况和成本控制情况。