应付运费应记入应付账款科目。

详细解释如下：

应付账款科目的定义

应付账款科目主要用于记录企业因购买原材料、商品或接受服务而应支付给供应商的款项。这是一个流动负债科目，反映了企业应当支付给外部的短期债务。

运费的相关处理

运费作为企业采购活动中的一个重要成本，通常与购买的原材料或商品相关。当企业发生运输费用时，这部分费用应作为采购成本的一部分进行核算。

应付运费记入应付账款科目的原因

由于运费是采购活动产生的，且通常需要支付给外部的运输服务提供商，因此，应付运费应记入应付账款科目。这样处理能够清晰地反映企业的流动负债情况，便于财务管理和成本控制。

会计处理

当企业发生运费且尚未支付时，会计上应做如下处理：

借：相关资产科目及运费相关科目

贷：应付账款——相关运输服务提供商

待支付运费时，再从应付账款科目支付。

总结来说，应付运费应记入应付账款科目，以准确反映企业的流动负债情况，并便于后续的财务管理和成本控制。