扣除。

甲供材，一般是指建筑工程中由甲方提供的建筑材料，例如钢筋、水泥等。在施工过程中，甲方提供的甲供材是需要并入工程预算中，然后在工程结算时扣除的。也就是说，甲供材含税是需要扣除的。甲方会在招标文件或者合同条款中约定甲供材的含税单价和数量，乙方在施工过程中需要按照甲方提供的甲供材清单进行采购和入库，并在工程结算时按照约定的比例扣除甲供材的含税单价。

因此，对于乙方而言，需要认真核对甲方提供的甲供材清单，确保采购和入库的工作顺利进行。