企业一般要扣除的经费包括：员工工资、社保公积金、税费、培训费用和其他日常运营成本。

1. 员工工资

企业扣除的经费中，员工工资是一个主要部分。这包括基本薪资、奖金、津贴、加班费等。企业需要根据员工的岗位、职责和工作表现来支付相应的工资，这是维持员工积极性和企业稳定运营的必要开支。

2. 社保公积金

企业还需要扣除社保公积金费用。这包括养老保险、医疗保险、失业保险、工伤保险和生育保险，以及住房公积金。这些费用用于保障员工的社会福利和住房需求，同时也是企业的法定责任。

3. 税费

企业需要按照国家规定缴纳各种税费，包括增值税、所得税、营业税等。这些税费是企业经营过程中必须支付的成本，也是国家财政收入的主要来源。

4. 培训费用

为了提高员工的技能水平和企业的竞争力，企业需要投入一定的经费进行员工培训。培训费用包括内部培训、外部培训、在线课程等，这些都是企业长期发展的必要投资。

5. 其他日常运营成本

此外，企业还会产生其他日常运营成本，如办公费用、设备维护、差旅费、市场推广费等。这些费用是企业日常运营中不可避免的开支，需要合理规划和控制。

总的来说，企业在运营过程中会扣除多种经费，这些经费用于支付员工的工资、保障员工福利、缴纳税费、培训员工以及维持企业的日常运营。合理的经费扣除和分配是企业稳定和健康发展的基础。