需要分情况讨论：

在转账支票正面上方有明确标注“转账支票”字样，转账支票最初只能用于转账，现已可以异地转账。

转账支票存根的会计分录，一般可以这样做：

1.如果是付出去支票存根

借：应付帐款（或预付帐款或费用类相关科目）

贷：银行存款；

2.如果是存入银行的转帐支票（收入）

借：银行存款

贷：应收帐款（或预收帐款等）。

转账支票存根指的是转账支票开出之后所留下的底子，其内容与转账支票等相同，留存备查。付款方可以让收款方在支票存根签字盖章，你要作为原始凭证登记会计分录，然后装订成会计凭证。