在建工程在法院裁定结束后，会按照以下程序进行交付：

1、执行裁定：法院会执行对在建工程的裁定。这包括确认工程的权属归属，解决争议或责任划分等。执行裁定的过程需要一定的时间，具体取决于案件的复杂程度和裁定内容。

2、交付手续：在法院裁定确定权属归属或责任后，涉及方需要按照法院裁定进行交付手续。这包括过户手续、交付拆迁、付清相关费用等。

3、验收：在建工程是房地产项目或大型工程项目，涉及方需要进行竣工验收。竣工验收是确保工程质量合格、符合法律法规要求的程序。

4、过户或交付证书：在涉及房地产的情况下，完成交付手续后，相关产权证书或其他权属证明文件将进行过户，确保权属的变更合法有效。

5、竣工报告和结算：涉及施工合同，双方需要进行最终结算和竣工报告的编制，确保双方对工程的完工和费用等事项达成一致。