1、形成企业不同：

初始投资成本是取得长期股权投资时实际支付的全部价款，只要有长期股权投资，无论是否为企业合并形成，都有初始投资成本。合并成本仅针对由企业合并形成的长期股权投资。

2、同一控制下具体数额不同：

在同一控制下企业合并形成的长期股权投资中，初始投资成本＝取得净资产帐面价值份额，而合并成本＝所支付对价的账面价值。两者之间的差额调整权益。

3、对交易费用的处理不同：

企业合并形成的长期股权投资的合并成本中不包含交易费用，而其他原因形成的长期股权投资的初始成本则包含交易费用。

参考资料来源：百度百科-初始投资成本

参考资料来源：百度百科-企业合并成本