专项补助应计入专项应付款科目。

详细解释如下：

1. 专项补助的定义：

专项补助通常是指针对特定项目或目的的补贴或资助。这些补助可能是政府给予企业的，用于支持某个特定项目或鼓励企业进行某项投资。也可能是社会组织、团体或个人之间的特定资助。

2. 专项应付款科目的含义：

在企业会计中，为了清晰记录这些特定项目或目的的补助款项，通常会设立专项应付款科目。这意味着，当企业收到任何形式的专项补助时，它应该被记录在这个特定的科目下。这不仅有助于企业准确追踪这些资金的来源和使用情况，还有助于后续的审计和报告工作。

3. 专项补助的会计处理：

当企业收到专项补助时，会计部门会进行记录。如果补助款项是与长期资产相关的，例如政府给予的某个大型项目的建设补助，这部分资金将作为企业长期负债的一部分进行处理。与之相关的任何支出或成本，也将与之挂钩。这样的处理方式有助于确保资金的透明度和合规性。如果补助是与日常运营或短期项目相关的，则会被记录在相应的短期负债科目下。总之，具体的会计处理还需根据企业的实际情况和相关的会计准则进行。

总结来说，专项补助应计入专项应付款科目，以确保资金的清晰追踪和合规使用。企业需要严格按照相关会计准则进行会计处理，确保财务报告的准确性和完整性。