盈余公积弥补亏损的方式如下：

首先，公司用盈余公积弥补亏损时，应当按照董事会或类似机构的决议，借记盈余公积——法定盈余公积或任意盈余公积”科目，贷记利润分配——盈余公积补亏”科目。这样，盈余公积就可以用来弥补公司的亏损。

其次，盈余公积弥补的是以前年度的经营亏损，不能弥补资本亏损。资本公积为资本性质，不能用于弥补亏损。另外，企业以前年度发生的亏损，在5年内可以用税前利润进行弥补（小企业会计准则规定为3年），当税前利润不足以弥补时，可以用税后利润弥补。税后利润仍不足弥补的，可用企业的盈余公积或资本公积进行弥补。其中盈余公积用于弥补亏损，在会计处理上应当由董事会或类似机构批准。