现在可以抵扣的运输发票有全国统一的公路、内河运输发票，从2007年1月1日起《公路、内河运输发票》都通过税控器具开具，与增值税专用发票一样有密码区，也需要到税务机关（主管国税）认证后抵扣，时限也是自开票之日起90天内认证，并且在认证的当月抵扣；另外一种可以抵扣的运输发票就是铁路运输发票（俗称铁路大票），其抵扣方法还是要通过“通用税务数据采集”软件采集并上报抵扣信息。

准予抵扣的货物运费金额是指在运输单位开具的货票上注明的运费、建设基金，不包括随同运费支付的装卸费、保险费等杂费等其他费用。