总公司收取分公司管理费用要做为一项收入进行账务处理，具体的操作如下：

借：银行存款或是应收账款，

贷：其他业务收—管理费，

贷：应交税费—应交增值税（销项税额）。

而分公司进行缴纳管理费用应该做为一项公司费用进行账务处理，

借：管理费用—办公费或是管理费，

贷：银行存款或是应付账款。

补充：总分公司独立核算和非独立核算的区别是什么：

独立核算主要是指对本单位的业务经营活动过程及其成果进行全面、系统的会计核算。

非独立核算一般是因为没有资本，所以财产物资是由上级单位进行拨付的，因为没有独立的银行账户，所以它的所有收入都要存入到上级单位账户，支出也由上级单位审核通过后再进行支付。

若在公司所在地有流转税纳税义务，那分公司就需要登记为独立核算性质的分公司。在当地不从事生产经营活动，只负责联络、售后服务等于经营相关的业务，而且在当地也不需要进行流转税的缴纳，那么需要登记为非独立核算性质的分公司。

总的来讲，无论分公司是否采用独立核算，都要根据要求单独建账。独立核算和非独立核算的主要区别在于采用非独立核算的分公司，它的一切账务是需要汇总到总公司进行核算的。