负数进项发票账务处理的时候，如果以前企业已经将对应的税额作为了进项税额核算，则应该做进项税额转出，如果尚未勾选确认进项税额的，则做相反分录进行冲减即可，其分录为，

借：应付账款等，

贷：原材料等，

应交税费—应交增值税—进项税额转出等。